中学校の健康診断において、聴診器を使用すること自体は一般的な検査項目であり、医師や看護師が患者の身体を診察する上で必要な手段の一つです。
ただし、健康診断の際にパンツのみ着用で聴診器を当てられたことについては、プライバシーの問題があるため、本来であれば別室などで個人的な空間を確保して検査することが望ましいとされています。
もし、そのような状況で不快な思いをしたり、違和感を感じた場合は、担当者に相談してみることをお勧めします。また、医療従事者は患者のプライバシーや人権を尊重することが求められているため、そのようなことがあってはいけません。